La tercera ciudad que visitará el Pontífice en Colombia es Medellín, donde transcurrirá toda la jornada del 9 de septiembre, desde las 9 de la mañana hasta las 18 aproximadamente. El acto principal del programa, muy esperado, es la celebración de la Santa Misa en el Aeropuerto Enrique Olaya Herrera de la ciudad, a las 10.15, el mismo lugar donde la celebró el Papa Wojtyla el 5 de julio de 1986. En las primeras horas de la tarde, el Papa visitará el Hogar San José y después tendrá un encuentro con sacerdotes, religiosas, consagrados y consagradas, seminaristas y sus familiares (Estadio cubierto La Macarena). Por último, a las 17.30, Francisco tomará el avión de regreso a Bogotá, a 276 kilómetros de Medellín. Esta ciudad solo fue visitada en el pasado por san Juan Pablo II. Pablo VI también estuvo en Colombia para inaugurar los trabajos de la Segunda Asamblea General del Episcopado Latinoamericano (CELAM) en 1968, pero no estuvo allí. El Papa Montini presidió la apertura de la Asamblea en la sede del CELAM, en Bogotá. Después, los representantes de las 22 Conferencias Episcopales trabajaron en la ciudad de Medellín desde el 24 de agosto hasta el 5 de septiembre.
Medellín es la segunda ciudad por número de habitantes después de Bogotá, y es la cabecera de la zona metropolitana homónima y del departamento de Antioquía. También es el segundo conglomerado urbano de Colombia tanto en términos de población como de economía. Se encuentra ubicada en el valle de Aburrá, entre la Cordillera Occidental y la Cordillera Oriental (región central de los Andes en Sudamérica); hace 10.500 años el valle de Aburrá estaba habitado por tribus nómades que vivían de la caza y la recolección. Cuando llegaron los conquistadores encontraron una población nativa numerosa que opuso poca resistencia. Los indígenas ya eran sedentarios y conocían la agricultura, la cría de animales y la metalurgia, sobre todo del oro. Muy pronto la ocupación y la explotación españolas provocaron la muerte o la deportación de casi toda la comunidad originaria. En 1616 el juez y representante de la Corona Francisco de Herrera Campuzano fundó, con la ayuda de 80 indígenas, el Poblado de San Lorenzo, en el actual Parque El Poblado. En 1646, como las leyes de segregación racial impedían la unión de indígenas con mestizos y mulatos, y debido a las precarias condiciones de habitabilidad de San Lorenzo, comenzó la construcción de otro centro, al que los nativos llamaron “lugar de Aná”, en el actual centro de Medellín, donde se encuentra el Parque Berrio y donde se construyó Nuestra Señora de la Candelaria de Aná. Tres años después en ese mismo lugar se construyó la Basílica Menor de Nuestra Señora de la Candelaria, que fue reconstruida a fines del siglo XVII y conserva el nombre hasta la actualidad. A partir de ese momento la ciudad comenzó a expandirse gradualmente y el requerimiento de provisiones para las minas de oro de la región se cubrieron con la producción agrícola y la cría de ganado de Medellín, que con un documento del 22 de noviembre de 1674, firmado por la reina regente Mariana de Austria, fue oficialmente bautizada, el 20 de noviembre de 1675, con el nombre de Villa de Nuestra Señora de la Candelaria de Medellín.
Al igual que el resto del país, Medellín comenzó a desarrollarse con velocidad en siglo XIX, sobre todo cuando la construcción del ferrocarril la puso en contacto directo con los centros más alejados, se intensificó el tráfico comercial y la expansión de la ciudad fue una consecuencia natural de los flujos migratorios internos en busca de trabajo. En los últimos veinticinco años del siglo XX Medellín se convirtió en un importante núcleo del narcotráfico colombiano y un poderoso cártel de traficantes estableció en la ciudad su cuartel general, con su secuela de homicidios y crímenes de distinto tipo que obligaron al gobierno central a implementar severas políticas destinadas a contener la escalada de muertes y venganzas entre bandas. En 2002, la tasa de muertes violentas cada 100.000 habitantes registró una cota de 229 pero, gracias a los programas sociales y culturales contra la violencia, en 2005 la cifra descendió a 66.1 cada 100.000 habitantes, una de las más bajas de los últimos años. Durante esta oleada de violencia la Iglesia Católica, al igual que otras confesiones cristianas, pagó un alto precio. Numerosos sacerdotes fueron asesinados en Medellín por los cárteles del narcotráfico, la micro criminalidad urbana y rural e incluso grupos politizados y organizaciones armadas de diversa orientación.
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